Настройки безопасности Linux Server

Отключаем перл если не нужен

chmod 700 /usr/bin/perl

Если есть cpanel то

groupadd trusty
usermod -a -G trusty cpanel
chgrp compiler /usr/bin/perl
chmod 750 /usr/bin/perl

Отключаем сигнатуры сервера.

/etc/apache2/apache2.conf

Отключаем листинг директорий.

a2dismod autoindex

sudo service apache2 restart